CHIARIELLO, ANDREA MARIA
CHIARIELLO, ANDREA MARIA
DIPARTIMENTO DI FISICA "ETTORE PANCINI"
Polymer physics of the large-scale structure of chromatin
2016 Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
Active and poised promoter states drive folding of the extended HoxB locus in mouse embryonic stem cells
2017 Barbieri, Mariano; Xie, Sheila Q; Torlai Triglia, Elena; Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; de Santiago, Inês; Branco, Miguel R; Rueda, David; Nicodemi, Mario; Pombo, Ana
Predicting chromatin architecture from models of polymer physics
2017 Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
Polymer models of the hierarchical folding of the Hox-B chromosomal locus
2016 Annunziatella, Carlo; Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; Nicodemi, Mario
The scaling features of the 3D organization of chromosomes are highlighted by a transformation a la Kadanoff of Hi-C data
2017 Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
Structure of the human chromosome interaction network
2017 Sarnataro, Sergio; Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Prisco, Antonella; Nicodemi, Mario
A polymer physics investigation of the architecture of the murine orthologue of the 7q11.23 human locus
2017 Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Prisco, Antonella; Nicodemi, Mario
Polymer physics predicts the effects of structural variants on chromatin architecture
2018 Bianco, Simona; Lupiáñez, Darío G.; Chiariello, Andrea M.; Annunziatella, Carlo; Kraft, Katerina; Schöpflin, Robert; Wittler, Lars; Andrey, Guillaume; Vingron, Martin; Pombo, Ana; Mundlos, Stefan; Nicodemi, Mario
Molecular Dynamics simulations of the Strings and Binders Switch model of chromatin
2018 Annunziatella, Carlo; Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
Dynamic 3D chromatin architecture contributes to enhancer specificity and limb morphogenesis
2018 Kragesteen, B. K.; Spielmann, M.; Paliou, C.; Riedel, FRANK HEINRICH; Schoepflin, R.; Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Jerkovic, I.; Harabula, I.; Guckelberger, P.; Pechstein, M.; Wittler, L.; Chan, W. -L.; Franke, M.; Lupianez, D. G.; Kraft, K.; Timmermann, B.; Vingron, M.; Visel, A.; Nicodemi, Mario; Mundlos, S.; Andrey, G.
Single-allele chromatin interactions identify regulatory hubs in dynamic compartmentalized domains
2018 Oudelaar, A. Marieke; Davies, James O. J.; Hanssen, Lars L. P.; Telenius, Jelena M.; Schwessinger, Ron; Liu, Yu; Brown, Jill M.; Downes, Damien J.; Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Nicodemi, Mario; Buckle, Veronica J.; Dekker, Job; Higgs, Douglas R.; Hughes, Jim R.
Models of polymer physics for the architecture of the cell nucleus
2019 Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
Release of paused RNA polymerase II at specific loci favors DNA double-strand-break formation and promotes cancer translocations
2019 Dellino, G. I.; Palluzzi, F.; Chiariello, A. M.; Piccioni, R.; Bianco, S.; Furia, L.; De Conti, G.; Bouwman, B. A. M.; Melloni, G.; Guido, D.; Giaco, L.; Luzi, L.; Cittaro, D.; Faretta, M.; Nicodemi, M.; Crosetto, N.; Pelicci, P. G.
Inference of chromosome 3D structures from GAM data by a physics computational approach
2020 Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Barbieri, M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
Preformed chromatin topology assists transcriptional robustness of Shh during limb development
2019 Paliou, C.; Guckelberger, P.; Schopflin, R.; Heinrich, V.; Esposito, A.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Annunziatella, C.; Helmuth, J.; Haas, S.; Jerkovic, I.; Brieske, N.; Wittler, L.; Timmermann, B.; Nicodemi, M.; Vingron, M.; Mundlos, S.; Andrey, G.
Modeling Single-Molecule Conformations of the HoxD Region in Mouse Embryonic Stem and Cortical Neuronal Cells
2019 Bianco, S.; Annunziatella, C.; Andrey, G.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Prisco, A.; Conte, Mattia; Campanile, Raffaele; Nicodemi, M.
A Dynamic Folded Hairpin Conformation Is Associated with α-Globin Activation in Erythroid Cells
2020 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Oudelaar, A. M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Larke, M. S. C.; Telenius, J. M.; Sciarretta, R.; Musella, F.; Buckle, V. J.; Higgs, D. R.; Hughes, J. R.; Nicodemi, M.
Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding
2020 Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Nicodemi, M.
Divergent Transcription of the Nkx2-5 Locus Generates Two Enhancer RNAs with Opposing Functions
2020 Salamon, I.; Serio, S.; Bianco, S.; Pagiatakis, C.; Crasto, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Cattaneo, P.; Fiorillo, L.; Felicetta, A.; di Pasquale, E.; Kunderfranco, P.; Nicodemi, M.; Papait, R.; Condorelli, G.
The Interplay between Phase Separation and Gene-Enhancer Communication: A Theoretical Study
2020 Chiariello, A. M.; Corberi, F.; Salerno, M.
Titolo | Tipologia | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
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Polymer physics of the large-scale structure of chromatin | 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) | 2016 | Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario | |
Active and poised promoter states drive folding of the extended HoxB locus in mouse embryonic stem cells | 1.1 Articolo in rivista | 2017 | Barbieri, Mariano; Xie, Sheila Q; Torlai Triglia, Elena; Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; de Santiago, Inês; Branco, Miguel R; Rueda, David; Nicodemi, Mario; Pombo, Ana | |
Predicting chromatin architecture from models of polymer physics | 1.1 Articolo in rivista | 2017 | Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario | |
Polymer models of the hierarchical folding of the Hox-B chromosomal locus | 1.1 Articolo in rivista | 2016 | Annunziatella, Carlo; Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; Nicodemi, Mario | |
The scaling features of the 3D organization of chromosomes are highlighted by a transformation a la Kadanoff of Hi-C data | 1.1 Articolo in rivista | 2017 | Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario | |
Structure of the human chromosome interaction network | 1.1 Articolo in rivista | 2017 | Sarnataro, Sergio; Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Prisco, Antonella; Nicodemi, Mario | |
A polymer physics investigation of the architecture of the murine orthologue of the 7q11.23 human locus | 1.1 Articolo in rivista | 2017 | Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Prisco, Antonella; Nicodemi, Mario | |
Polymer physics predicts the effects of structural variants on chromatin architecture | 1.1 Articolo in rivista | 2018 | Bianco, Simona; Lupiáñez, Darío G.; Chiariello, Andrea M.; Annunziatella, Carlo; Kraft, Katerina; Schöpflin, Robert; Wittler, Lars; Andrey, Guillaume; Vingron, Martin; Pombo, Ana; Mundlos, Stefan; Nicodemi, Mario | |
Molecular Dynamics simulations of the Strings and Binders Switch model of chromatin | 1.1 Articolo in rivista | 2018 | Annunziatella, Carlo; Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario | |
Dynamic 3D chromatin architecture contributes to enhancer specificity and limb morphogenesis | 1.1 Articolo in rivista | 2018 | Kragesteen, B. K.; Spielmann, M.; Paliou, C.; Riedel, FRANK HEINRICH; Schoepflin, R.; Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Jerkovic, I.; Harabula, I.; Guckelberger, P.; Pechstein, M.; Wittler, L.; Chan, W. -L.; Franke, M.; Lupianez, D. G.; Kraft, K.; Timmermann, B.; Vingron, M.; Visel, A.; Nicodemi, Mario; Mundlos, S.; Andrey, G. | |
Single-allele chromatin interactions identify regulatory hubs in dynamic compartmentalized domains | 1.1 Articolo in rivista | 2018 | Oudelaar, A. Marieke; Davies, James O. J.; Hanssen, Lars L. P.; Telenius, Jelena M.; Schwessinger, Ron; Liu, Yu; Brown, Jill M.; Downes, Damien J.; Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Nicodemi, Mario; Buckle, Veronica J.; Dekker, Job; Higgs, Douglas R.; Hughes, Jim R. | |
Models of polymer physics for the architecture of the cell nucleus | 1.1 Articolo in rivista | 2019 | Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario | |
Release of paused RNA polymerase II at specific loci favors DNA double-strand-break formation and promotes cancer translocations | 1.1 Articolo in rivista | 2019 | Dellino, G. I.; Palluzzi, F.; Chiariello, A. M.; Piccioni, R.; Bianco, S.; Furia, L.; De Conti, G.; Bouwman, B. A. M.; Melloni, G.; Guido, D.; Giaco, L.; Luzi, L.; Cittaro, D.; Faretta, M.; Nicodemi, M.; Crosetto, N.; Pelicci, P. G. | |
Inference of chromosome 3D structures from GAM data by a physics computational approach | 1.1 Articolo in rivista | 2020 | Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Barbieri, M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M. | |
Preformed chromatin topology assists transcriptional robustness of Shh during limb development | 1.1 Articolo in rivista | 2019 | Paliou, C.; Guckelberger, P.; Schopflin, R.; Heinrich, V.; Esposito, A.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Annunziatella, C.; Helmuth, J.; Haas, S.; Jerkovic, I.; Brieske, N.; Wittler, L.; Timmermann, B.; Nicodemi, M.; Vingron, M.; Mundlos, S.; Andrey, G. | |
Modeling Single-Molecule Conformations of the HoxD Region in Mouse Embryonic Stem and Cortical Neuronal Cells | 1.1 Articolo in rivista | 2019 | Bianco, S.; Annunziatella, C.; Andrey, G.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Prisco, A.; Conte, Mattia; Campanile, Raffaele; Nicodemi, M. | |
A Dynamic Folded Hairpin Conformation Is Associated with α-Globin Activation in Erythroid Cells | 1.1 Articolo in rivista | 2020 | Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Oudelaar, A. M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Larke, M. S. C.; Telenius, J. M.; Sciarretta, R.; Musella, F.; Buckle, V. J.; Higgs, D. R.; Hughes, J. R.; Nicodemi, M. | |
Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding | 1.1 Articolo in rivista | 2020 | Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Nicodemi, M. | |
Divergent Transcription of the Nkx2-5 Locus Generates Two Enhancer RNAs with Opposing Functions | 1.1 Articolo in rivista | 2020 | Salamon, I.; Serio, S.; Bianco, S.; Pagiatakis, C.; Crasto, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Cattaneo, P.; Fiorillo, L.; Felicetta, A.; di Pasquale, E.; Kunderfranco, P.; Nicodemi, M.; Papait, R.; Condorelli, G. | |
The Interplay between Phase Separation and Gene-Enhancer Communication: A Theoretical Study | 1.1 Articolo in rivista | 2020 | Chiariello, A. M.; Corberi, F.; Salerno, M. |