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CONTE, MATTIA

CONTE, MATTIA  

DIPARTIMENTO DI FISICA "ETTORE PANCINI"  

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Titolo Tipologia Data di pubblicazione Autore(i) File
Inference of chromosome 3D structures from GAM data by a physics computational approach 1.1 Articolo in rivista 2020 Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Barbieri, M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
Modeling Single-Molecule Conformations of the HoxD Region in Mouse Embryonic Stem and Cortical Neuronal Cells 1.1 Articolo in rivista 2019 Bianco, S.; Annunziatella, C.; Andrey, G.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Prisco, A.; Conte, Mattia; Campanile, Raffaele; Nicodemi, M.
A Dynamic Folded Hairpin Conformation Is Associated with α-Globin Activation in Erythroid Cells 1.1 Articolo in rivista 2020 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Oudelaar, A. M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Larke, M. S. C.; Telenius, J. M.; Sciarretta, R.; Musella, F.; Buckle, V. J.; Higgs, D. R.; Hughes, J. R.; Nicodemi, M.
Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2020 Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Nicodemi, M.
Divergent Transcription of the Nkx2-5 Locus Generates Two Enhancer RNAs with Opposing Functions 1.1 Articolo in rivista 2020 Salamon, I.; Serio, S.; Bianco, S.; Pagiatakis, C.; Crasto, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Cattaneo, P.; Fiorillo, L.; Felicetta, A.; di Pasquale, E.; Kunderfranco, P.; Nicodemi, M.; Papait, R.; Condorelli, G.
Promoter-proximal CTCF binding promotes distal enhancer-dependent gene activation 1.1 Articolo in rivista 2021 Kubo, N.; Ishii, H.; Xiong, X.; Bianco, S.; Meitinger, F.; Hu, R.; Hocker, J. D.; Conte, M.; Gorkin, D.; Yu, M.; Li, B.; Dixon, J. R.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhao, H.; Ren, B.
CTCF mediates dosage- and sequence-context-dependent transcriptional insulation by forming local chromatin domains 1.1 Articolo in rivista 2021 Huang, H.; Zhu, Q.; Jussila, A.; Han, Y.; Bintu, B.; Kern, C.; Conte, M.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Yu, M.; Hu, R.; Tastemel, M.; Juric, I.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhuang, X.; Ren, B.
Comparison of the Hi-C, GAM and SPRITE methods using polymer models of chromatin 1.1 Articolo in rivista 2021 Fiorillo, L.; Musella, F.; Conte, M.; Kempfer, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Kukalev, A.; Irastorza-Azcarate, I.; Esposito, A.; Abraham, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
Loop-extrusion and polymer phase-separation can co-exist at the single-molecule level to shape chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2022 Conte, M.; Irani, E.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Bianco, S.; Esposito, A.; Nicodemi, M.
Unveiling the Machinery behind Chromosome Folding by Polymer Physics Modeling 1.1 Articolo in rivista 2023 Conte, Mattia; Esposito, Andrea; Vercellone, Francesca; Abraham, Alex; Bianco, Simona
The Physics of DNA Folding: Polymer Models and Phase-Separation 1.1 Articolo in rivista 2022 Esposito, Andrea; Abraham, Alex; Conte, Mattia; Vercellone, Francesca; Prisco, Antonella; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.
Polymer Models of Chromatin Imaging Data in Single Cells 1.2 Recensione in rivista 2022 Conte, Mattia; Chiariello, Andrea M.; Abraham, Alex; Bianco, Simona; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario; Matteuzzi, Tommaso; Vercellone, Francesca
Multiscale modelling of chromatin 4D organization in SARS-CoV-2 infected cells 1.1 Articolo in rivista 2024 Chiariello, Andrea M.; Abraham, Alex; Bianco, Simona; Esposito, Andrea; Fontana, Andrea; Vercellone, Francesca; Conte, Mattia; Nicodemi, Mario
Polymer physics reveals a combinatorial code linking 3D chromatin architecture to 1D chromatin states 1.1 Articolo in rivista 2022 Esposito, Andrea; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Abraham, Alex; Fiorillo, Luca; Conte, Mattia; Campanile, Raffaele; Nicodemi, Mario
Comparison of the Hi-C, GAM and SPRITE methods by use of polymer models of chromatin 1.1 Articolo in rivista 2020 Fiorillo, Luca; Musella, Francesco; Kempfer, Rieke; Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Kukalev, Alexander; Irastorza-Azcarate, Ibai; Esposito, Andrea; Conte, Mattia; Prisco, Antonella; Pombo, Ana; Nicodemi, Mario
3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics 1.1 Articolo in rivista 2022 Null, Null; Belokopytova, Polina; Viesná, Emil; Chiliński, Mateusz; Qi, Yifeng; Salari, Hossein; Di Stefano, Marco; Esposito, Andrea; Conte, Mattia; Chiariello, Andrea M; Teif, Vladimir B; Plewczynski, Dariusz; Zhang, Bin; Jost, Daniel; Fishman, Veniamin
Dynamic and equilibrium properties of finite-size polymer models of chromosome folding 1.1 Articolo in rivista 2021 Conte, Mattia; Fiorillo, Luca; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Musella, Francesco; Abraham, Alex; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.
Efficient computational implementation of polymer physics models to explore chromatin structure 1.1 Articolo in rivista 2022 Conte, Mattia; Esposito, Andrea; Fiorillo, Luca; Campanile, Raffaele; Annunziatella, Carlo; Corrado, Alfonso; Chiariello, Maria Gabriella; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.
Polymer physics indicates chromatin folding variability across single-cells results from state degeneracy in phase separation 1.1 Articolo in rivista 2020 Conte, Mattia; Fiorillo, Luca; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
Polymer Physics Models Reveal Structural Folding Features of Single-Molecule Gene Chromatin Conformations 1.1 Articolo in rivista 2024 Conte, Mattia; Abraham, Alex; Esposito, Andrea; Yang, Liyan; Gibcus, Johan H.; Parsi, Krishna M.; Vercellone, Francesca; Fontana, Andrea; Di Pierno, Florinda; Dekker, Job; Nicodemi, Mario