Determinazione ab initio di chemical shift per la validazione strutturale del sito di coordinazione del metallo in superfamiglie di metalloproteine

Le metalloproteine mostrano numerose e diversificate attività biologiche, come il trasferimento elettronico e la catalisi. La risonanza magnetica nucleare (NMR) è un eccellente strumento per indagare sulla struttura tridimensionale delle proteine. Tuttavia la determinazione strutturale nelle metalloproteine richiede una conoscenza a priori del sito di coordinazione del metallo a causa di una mancanza di restraints ione metallico-proteina, derivanti dagli esperimenti [1]. I chemical shift mostrano una notevole sensibilità alla coordinazione del metallo, tuttavia la loro dipendenza da fattori stereoelettronici è complessa e l’informazione strutturale insita è difficile da estrarre. Questo progetto ha lo scopo di introdurre il calcolo ab initio dei chemical shift come uno strumento per la validazione strutturale dei siti di binding delle metallo-proteine. A tale proposito verrano prese in considerazione le EF-hand calcium-binding proteine per applicare il protocollo che si intende sviluppare, poiché per questa famiglia di metallo-proteine esistono accurati database sia strutturali che di proprietà NMR. Lo scopo del protocollo che si intende implementare è ampio, con possibilità di applicazioni per una sistematica esplorazione di altri metalli oltre allo ione calcio come anche di differenti sistemi proteici.