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This .zip file contains 3 files: 2 PLINK files containing the genotype information and one residual file containing the phenotypic information used for this paper. - genabelLATT.tped -> Transposed ped file in PLINK format. Genotypes are already edited for MAF as declared in the paper. - genabelLATT.tfam -> Transposed map file in PLINK format, containing 529 individuals. - RESIDUALS.txt -> File containing the residuals used for the GWAS in this paper. The model used to obtain this data from raw files was: Lact_record ~ Farm + CalvYear + CalvMonth + CalvingNumber + Age + Polygenic_effect + e The "e" term was then used as dependent variable in a GWAS using qtscore function in GENABEL.
Replication Data for: Design and validation of a 90K SNP genotyping assay for the Water Buffalo (Bubalus bubalis) / Daniela, I., Ezequiel, L.N., Curtis, P.V.T., James, M.R., FRITZ WATERS, E.R., James, E.K., Stefano, B., Sonstegard, T.S., Steven, G.S., Paolo, A.M., Riccardo, N., Rolando, P., Paola, R., Angelo, C., Garcia, J.F., Ahmad, A., Luigi, R., Cosenza, G., Denise, A.A.D.O., Marcela, G.D., et al.. - VI:(2017). [10.7910/DVN/UGA2QX]
Replication Data for: Design and validation of a 90K SNP genotyping assay for the Water Buffalo (Bubalus bubalis)
Daniela, Iamartino;Ezequiel, L. NICOLAZZI;Curtis, P. VAN TASSELL;James, M. REECY;FRITZ WATERS, ERIC R.;James, E. KOLTES;Stefano, Biffani;Sonstegard, TAD S.;Steven, G. SCHROEDER;Paolo, AJMONE MARSAN;Riccardo, Negrini;Rolando, Pasquariello;Paola, Ramelli;Angelo, Coletta;Garcia, JOSÉ F.;Ahmad, Ali;Luigi, Ramunno;COSENZA, GIANFRANCO;Denise, A. A. DE OLIVEIRA;Marcela, G. DRUMMOND;Eduardo, Bastianetto;Pirani, Ali;Fiona, Brew;Williams, JOHN L.
2017
Abstract
This .zip file contains 3 files: 2 PLINK files containing the genotype information and one residual file containing the phenotypic information used for this paper. - genabelLATT.tped -> Transposed ped file in PLINK format. Genotypes are already edited for MAF as declared in the paper. - genabelLATT.tfam -> Transposed map file in PLINK format, containing 529 individuals. - RESIDUALS.txt -> File containing the residuals used for the GWAS in this paper. The model used to obtain this data from raw files was: Lact_record ~ Farm + CalvYear + CalvMonth + CalvingNumber + Age + Polygenic_effect + e The "e" term was then used as dependent variable in a GWAS using qtscore function in GENABEL.
Replication Data for: Design and validation of a 90K SNP genotyping assay for the Water Buffalo (Bubalus bubalis) / Daniela, I., Ezequiel, L.N., Curtis, P.V.T., James, M.R., FRITZ WATERS, E.R., James, E.K., Stefano, B., Sonstegard, T.S., Steven, G.S., Paolo, A.M., Riccardo, N., Rolando, P., Paola, R., Angelo, C., Garcia, J.F., Ahmad, A., Luigi, R., Cosenza, G., Denise, A.A.D.O., Marcela, G.D., et al.. - VI:(2017). [10.7910/DVN/UGA2QX]
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
