DI BERNARDO, DIEGO
DI BERNARDO, DIEGO
DIPARTIMENTO DI INGEGNERIA CHIMICA, DEI MATERIALI E DELLA PRODUZIONE INDUSTRIALE
MODHEP: systems biology of liver cancer: an integrative genomic-epigenomic approach
2011 DI BERNARDO, Diego
Identificazione del modo di azione di farmaci
2005 DI BERNARDO, Diego
Reverse-engineering gene networks from time-series profile to identify the function of disease genes
2004 DI BERNARDO, Diego
Discovery of drug mode of action and drug repositioning from transcriptional responses
2010 Iorio, F; Bosotti, R; Scacheri, E; Belcastro, V; Mithbaokar, P; Ferriero, R; Murino, L; Tagliaferri, R; BRUNETTI PIERRI, Nicola; Isacchi, A; DI BERNARDO, Diego
Associate Editor
2011 DI BERNARDO, Diego
A systems biology approach to elucidate the function of the transcription factor p63
2007 DI BERNARDO, Diego
Reverse-engineering gene networks to elucidate disease gene function: application to the transcription factor p63
2003 DI BERNARDO, Diego
BioPredyn: New Bioinformatics methods and tools for predictive modeling in biotech application
2012 DI BERNARDO, Diego
Oscillations in Signaling: a sytems and synthetic biology approach
2011 DI BERNARDO, Diego
Noncoding RNA in brain function
2010 DI BERNARDO, Diego
Reverse Engineering Gene Regulatory Networks for elucidating transcriptome organisation, gene function and gene regulation in mammalian systems
2010 DI BERNARDO, Diego
The transcriptional landscape of the mammalian genome
2005 Carninci, P.; Kasukawa, T.; Katayama, S.; Gough, J.; Frith, M. C.; Maeda, N.; Oyama, R.; Ravasi, T.; Lenhard, B.; Wells, C.; Kodzius, R.; Shimokawa, K.; Bajic, V. B.; Brenner, S. E.; Batalov, S.; Forrest, A. R.; Zavolan, M.; Davis, M. J.; Wilming, L. G.; Aidinis, V.; Allen, J. E.; Ambesi Impiombato, A.; Apweiler, R.; Aturaliya, R. N.; Bailey, T. L.; Bansal, M.; Baxter, L.; Beisel, K. W.; Bersano, T.; Bono, H.; Chalk, A. M.; Chiu, K. P.; Choudhary, V.; Christoffels, A.; Clutterbuck, D. R.; Crowe, M. L.; Dalla, E.; Dalrymple, B. P.; de Bono, B.; Della Gatta, G.; DI BERNARDO, Diego; Down, T.; Engstrom, P.; Fagiolini, M.; Faulkner, G.; Fletcher, C. F.; Fukushima, T.; Furuno, M.; Futaki, S.; Gariboldi, M.; Georgii Hemming, P.; Gingeras, T. R.; Gojobori, T.; Green, R. E.; Gustincich, S.; Harbers, M.; Hayashi, Y.; Hensch, T. K.; Hirokawa, N.; Hill, D.; Huminiecki, L.; Iacono, M.; Ikeo, K.; Iwama, A.; Ishikawa, T.; Jakt, M.; Kanapin, A.; Katoh, M.; Kawasawa, Y.; Kelso, J.; Kitamura, H.; Kitano, H.; Kollias, G.; Krishnan, S. P.; Kruger, A.; Kummerfeld, S. K.; Kurochkin, I. V.; Lareau, L. F.; Lazarevic, D.; Lipovich, L.; Liu, J.; Liuni, S.; Mcwilliam, S.; Madan Babu, M.; Madera, M.; Marchionni, L.; Matsuda, H.; Matsuzawa, S.; Miki, H.; Mignone, F.; Miyake, S.; Morris, K.; Mottagui Tabar, S.; Mulder, N.; Nakano, N.; Nakauchi, H.; Ng, P.; Nilsson, R.; Nishiguchi, S.; Nishikawa, S.; Nori, F.; Ohara, O.; Okazaki, Y.; Orlando, V.; Pang, K. C.; Pavan, W. J.; Pavesi, G.; Pesole, G.; Petrovsky, N.; Piazza, S.; Reed, J.; Reid, J. F.; Ring, B. Z.; Ringwald, M.; Rost, B.; Ruan, Y.; Salzberg, S. L.; Sandelin, A.; Schneider, C.; Schonbach, C.; Sekiguchi, K.; Semple, C. A.; Seno, S.; Sessa, L.; Sheng, Y.; Shibata, Y.; Shimada, H.; Shimada, K.; Silva, D.; Sinclair, B.; Sperling, S.; Stupka, E.; Sugiura, K.; Sultana, R.; Takenaka, Y.; Taki, K.; Tammoja, K.; Tan, S. L.; Tang, S.; Taylor, M. S.; Tegner, J.; Teichmann, S. A.; Ueda, H. R.; van Nimwegen, E.; Verardo, R.; Wei, C. L.; Yagi, K.; Yamanishi, H.; Zabarovsky, E.; Zhu, S.; Zimmer, A.; Hide, W.; Bult, C.; Grimmond, S. M.; Teasdale, R. D.; Liu, E. T.; Brusic, V.; Quackenbush, J.; Wahlestedt, C.; Mattick, J. S.; Hume, D. A.; Kai, C.; Sasaki, D.; Tomaru, Y.; Fukuda, S.; Kanamori Katayama, M.; Suzuki, M.; Aoki, J.; Arakawa, T.; Iida, J.; Imamura, K.; Itoh, M.; Kato, T.; Kawaji, H.; Kawagashira, N.; Kawashima, T.; Kojima, M.; Kondo, S.; Konno, H.; Nakano, K.; Ninomiya, N.; Nishio, T.; Okada, M.; Plessy, C.; Shibata, K.; Shiraki, T.; Suzuki, S.; Tagami, M.; Waki, K.; Watahiki, A.; Okamura Oho, Y.; Suzuki, H.; Kawai, J.; Hayashizaki, Y.
Computational framework for the prediction of transcription factor binding sites by multiple data integration
2006 Ambesi Impiombato, A; Bansal, M; Lio, P; DI BERNARDO, Diego
A yeast synthetic network for in-vivo assessment of reverse engineering and modelling.
2009 Cantone, Irene; Marucci, L.; Iorio, F.; Ricci, Ma; Belcastro, V; DI BERNARDO, Mario; Santini, Stefania; DI BERNARDO, Diego; Cosma, M. P.
miRNAs confer phenotypic robustness to gene networks by suppressing biological noise
2013 Velia, Siciliano; Garzilli, Immacolata; Chiara, Fracassi; Stefania, Criscuolo; Ventre, Simona; DI BERNARDO, Diego
Direct targets of the Trp63 transcription factor revealed by a combination of gene expression profiling and reverse engineering.
2008 G., Della Gatta; M., Bansal; A., Ambesiimpiombato; Antonini, Dario; Missero, Caterina; DI BERNARDO, Diego
A parallel implementation of the network identification by multiple regression (NIR) algorithm to reverse-engineer regulatory gene networks.
2010 Gregoretti, F; Belcastro, V; DI BERNARDO, Diego; Oliva, G.
Colocalization of coregulated genes: a steered molecular dynamics study of human chromosome 19.
2013 Di Stefano, M; Rosa, A; Belcastro, V; DI BERNARDO, Diego; Micheletti, C.
Identification and modeling of gene networks
2011 DI BERNARDO, Diego
Reverse-engineering gene networks in genetic diseases
2010 DI BERNARDO, Diego
Titolo | Tipologia | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
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MODHEP: systems biology of liver cancer: an integrative genomic-epigenomic approach | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2011 | DI BERNARDO, Diego | |
Identificazione del modo di azione di farmaci | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2005 | DI BERNARDO, Diego | |
Reverse-engineering gene networks from time-series profile to identify the function of disease genes | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2004 | DI BERNARDO, Diego | |
Discovery of drug mode of action and drug repositioning from transcriptional responses | 1.1 Articolo in rivista | 2010 | Iorio, F; Bosotti, R; Scacheri, E; Belcastro, V; Mithbaokar, P; Ferriero, R; Murino, L; Tagliaferri, R; BRUNETTI PIERRI, Nicola; Isacchi, A; DI BERNARDO, Diego | |
Associate Editor | 8.06 Partecip. Editorial Board di riviste scientifiche | 2011 | DI BERNARDO, Diego | |
A systems biology approach to elucidate the function of the transcription factor p63 | 8.10 Tesi di Dottorato | 2007 | DI BERNARDO, Diego | |
Reverse-engineering gene networks to elucidate disease gene function: application to the transcription factor p63 | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2003 | DI BERNARDO, Diego | |
BioPredyn: New Bioinformatics methods and tools for predictive modeling in biotech application | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2012 | DI BERNARDO, Diego | |
Oscillations in Signaling: a sytems and synthetic biology approach | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2011 | DI BERNARDO, Diego | |
Noncoding RNA in brain function | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2010 | DI BERNARDO, Diego | |
Reverse Engineering Gene Regulatory Networks for elucidating transcriptome organisation, gene function and gene regulation in mammalian systems | 8.10 Tesi di Dottorato | 2010 | DI BERNARDO, Diego | |
The transcriptional landscape of the mammalian genome | 1.1 Articolo in rivista | 2005 | Carninci, P.; Kasukawa, T.; Katayama, S.; Gough, J.; Frith, M. C.; Maeda, N.; Oyama, R.; Ravasi, T.; Lenhard, B.; Wells, C.; Kodzius, R.; Shimokawa, K.; Bajic, V. B.; Brenner, S. E.; Batalov, S.; Forrest, A. R.; Zavolan, M.; Davis, M. J.; Wilming, L. G.; Aidinis, V.; Allen, J. E.; Ambesi Impiombato, A.; Apweiler, R.; Aturaliya, R. N.; Bailey, T. L.; Bansal, M.; Baxter, L.; Beisel, K. W.; Bersano, T.; Bono, H.; Chalk, A. M.; Chiu, K. P.; Choudhary, V.; Christoffels, A.; Clutterbuck, D. R.; Crowe, M. L.; Dalla, E.; Dalrymple, B. P.; de Bono, B.; Della Gatta, G.; DI BERNARDO, Diego; Down, T.; Engstrom, P.; Fagiolini, M.; Faulkner, G.; Fletcher, C. F.; Fukushima, T.; Furuno, M.; Futaki, S.; Gariboldi, M.; Georgii Hemming, P.; Gingeras, T. R.; Gojobori, T.; Green, R. E.; Gustincich, S.; Harbers, M.; Hayashi, Y.; Hensch, T. K.; Hirokawa, N.; Hill, D.; Huminiecki, L.; Iacono, M.; Ikeo, K.; Iwama, A.; Ishikawa, T.; Jakt, M.; Kanapin, A.; Katoh, M.; Kawasawa, Y.; Kelso, J.; Kitamura, H.; Kitano, H.; Kollias, G.; Krishnan, S. P.; Kruger, A.; Kummerfeld, S. K.; Kurochkin, I. V.; Lareau, L. F.; Lazarevic, D.; Lipovich, L.; Liu, J.; Liuni, S.; Mcwilliam, S.; Madan Babu, M.; Madera, M.; Marchionni, L.; Matsuda, H.; Matsuzawa, S.; Miki, H.; Mignone, F.; Miyake, S.; Morris, K.; Mottagui Tabar, S.; Mulder, N.; Nakano, N.; Nakauchi, H.; Ng, P.; Nilsson, R.; Nishiguchi, S.; Nishikawa, S.; Nori, F.; Ohara, O.; Okazaki, Y.; Orlando, V.; Pang, K. C.; Pavan, W. J.; Pavesi, G.; Pesole, G.; Petrovsky, N.; Piazza, S.; Reed, J.; Reid, J. F.; Ring, B. Z.; Ringwald, M.; Rost, B.; Ruan, Y.; Salzberg, S. L.; Sandelin, A.; Schneider, C.; Schonbach, C.; Sekiguchi, K.; Semple, C. A.; Seno, S.; Sessa, L.; Sheng, Y.; Shibata, Y.; Shimada, H.; Shimada, K.; Silva, D.; Sinclair, B.; Sperling, S.; Stupka, E.; Sugiura, K.; Sultana, R.; Takenaka, Y.; Taki, K.; Tammoja, K.; Tan, S. L.; Tang, S.; Taylor, M. S.; Tegner, J.; Teichmann, S. A.; Ueda, H. R.; van Nimwegen, E.; Verardo, R.; Wei, C. L.; Yagi, K.; Yamanishi, H.; Zabarovsky, E.; Zhu, S.; Zimmer, A.; Hide, W.; Bult, C.; Grimmond, S. M.; Teasdale, R. D.; Liu, E. T.; Brusic, V.; Quackenbush, J.; Wahlestedt, C.; Mattick, J. S.; Hume, D. A.; Kai, C.; Sasaki, D.; Tomaru, Y.; Fukuda, S.; Kanamori Katayama, M.; Suzuki, M.; Aoki, J.; Arakawa, T.; Iida, J.; Imamura, K.; Itoh, M.; Kato, T.; Kawaji, H.; Kawagashira, N.; Kawashima, T.; Kojima, M.; Kondo, S.; Konno, H.; Nakano, K.; Ninomiya, N.; Nishio, T.; Okada, M.; Plessy, C.; Shibata, K.; Shiraki, T.; Suzuki, S.; Tagami, M.; Waki, K.; Watahiki, A.; Okamura Oho, Y.; Suzuki, H.; Kawai, J.; Hayashizaki, Y. | |
Computational framework for the prediction of transcription factor binding sites by multiple data integration | 1.1 Articolo in rivista | 2006 | Ambesi Impiombato, A; Bansal, M; Lio, P; DI BERNARDO, Diego | |
A yeast synthetic network for in-vivo assessment of reverse engineering and modelling. | 1.1 Articolo in rivista | 2009 | Cantone, Irene; Marucci, L.; Iorio, F.; Ricci, Ma; Belcastro, V; DI BERNARDO, Mario; Santini, Stefania; DI BERNARDO, Diego; Cosma, M. P. | |
miRNAs confer phenotypic robustness to gene networks by suppressing biological noise | 1.1 Articolo in rivista | 2013 | Velia, Siciliano; Garzilli, Immacolata; Chiara, Fracassi; Stefania, Criscuolo; Ventre, Simona; DI BERNARDO, Diego | |
Direct targets of the Trp63 transcription factor revealed by a combination of gene expression profiling and reverse engineering. | 1.1 Articolo in rivista | 2008 | G., Della Gatta; M., Bansal; A., Ambesiimpiombato; Antonini, Dario; Missero, Caterina; DI BERNARDO, Diego | |
A parallel implementation of the network identification by multiple regression (NIR) algorithm to reverse-engineer regulatory gene networks. | 1.1 Articolo in rivista | 2010 | Gregoretti, F; Belcastro, V; DI BERNARDO, Diego; Oliva, G. | |
Colocalization of coregulated genes: a steered molecular dynamics study of human chromosome 19. | 1.1 Articolo in rivista | 2013 | Di Stefano, M; Rosa, A; Belcastro, V; DI BERNARDO, Diego; Micheletti, C. | |
Identification and modeling of gene networks | 8.03 Conv. e contr. di ricerca di Enti Pubblici/Privati | 2011 | DI BERNARDO, Diego | |
Reverse-engineering gene networks in genetic diseases | 8.07 Progetti di Ricerca Finanziati | 2010 | DI BERNARDO, Diego |