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Monaco et al. generate an RNA-seq dataset on 29 immune cell types and identify modules of cell type-specific, co-expressed, and housekeeping genes. The mRNA heterogeneity and abundance of the different cell types were examined. Absolute deconvolution of PBMCs was obtained by taking into account mRNA abundance when normalizing the signature matrix.
RNA-Seq Signatures Normalized by mRNA Abundance Allow Absolute Deconvolution of Human Immune Cell Types / Monaco, G.; Lee, B.; Xu, W.; Mustafah, S.; Hwang, Y. Y.; Carre, C.; Burdin, N.; Visan, L.; Ceccarelli, M.; Poidinger, M.; Zippelius, A.; Pedro de Magalhaes, J.; Larbi, A.. - In: CELL REPORTS. - ISSN 2211-1247. - 26:6(2019), pp. 1627-1640. [10.1016/j.celrep.2019.01.041]
RNA-Seq Signatures Normalized by mRNA Abundance Allow Absolute Deconvolution of Human Immune Cell Types
Monaco G.;Lee B.;Xu W.;Mustafah S.;Hwang Y. Y.;Carre C.;Burdin N.;Visan L.;Ceccarelli M.;Poidinger M.;Zippelius A.;Pedro de Magalhaes J.;Larbi A.
2019
Abstract
Monaco et al. generate an RNA-seq dataset on 29 immune cell types and identify modules of cell type-specific, co-expressed, and housekeeping genes. The mRNA heterogeneity and abundance of the different cell types were examined. Absolute deconvolution of PBMCs was obtained by taking into account mRNA abundance when normalizing the signature matrix.
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
