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Tomato (Solanum lycopersicum) is a major crop plant and a model system for fruit development. Solanum is one of the largest angiosperm genera(1) and includes annual and perennial plants from diverse habitats. Here we present a high-quality genome sequence of domesticated tomato, a draft sequence of its closest wild relative, Solanum pimpinellifolium(2), and compare them to each other and to the potato genome (Solanum tuberosum). The two tomato genomes show only 0.6% nucleotide divergence and signs of recent admixture, but show more than 8% divergence from potato, with nine large and several smaller inversions. In contrast to Arabidopsis, but similar to soybean, tomato and potato small RNAs map predominantly to gene-rich chromosomal regions, including gene promoters. The Solanum lineage has experienced two consecutive genome triplications: one that is ancient and shared with rosids, and a more recent one. These triplications set the stage for the neofunctionalization of genes controlling fruit characteristics, such as colour and fleshiness.
The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution / S., Sato; S., Tabata; H., Hirakawa; E., Asamizu; K., Shirasawa; S., Isobe; T., Kaneko; Y., Nakamura; D., Shibata; K., Aoki; M., Egholm; J., Knight; R., Bogden; C. B., Li; Y., Shuang; X., Xu; S. K., Pan; S. F., Cheng; X., Liu; Y. Y., Ren; J., Wang; A., Albiero; F. D., Pero; S., Todesco; J. V., Eck; R. M., Buels; A., Bombarely; J. R., Gosselin; M. Y., Huang; J. A., Leto; N., Menda; S., Strickler; L. Y., Mao; S., Gao; I. Y., Tecle; T., York; Y., Zheng; J. T., Vrebalov; J., Lee; S. L., Zhong; L. A., Mueller; W. J., Stiekema; P., Ribeca; T., Alioto; W. C., Yang; S. W., Huang; Y. C., Du; Z. H., Zhang; J. C., Gao; Y. M., Guo; X. X., Wang; Y., Li; J., He; C. Y., Li; Z. K., Cheng; J. R., Zuo; J. F., Ren; J. H., Zhao; L. H., Yan; H. L., Jiang; B., Wang; H. S., Li; Z. J., Li; F. Y., Fu; B. T., Chen; B., Han; Q., Feng; D. L., Fan; Y., Wang; H. Q., Ling; Y. B., A.; D., Ware; W. R., Mccombie; Z. B., Lippman; J. M., Chia; K., Jiang; S., Pasternak; L., Gelley; M., Kramer; L. K., Anderson; S. B., Chang; S. M., Royer; L. A., Shearer; S. M., Stack; J. K., C.; Y. M., Xu; N., Eannetta; A. J., Matas; R., Mcquinn; S. D., Tanksley; F., Camara; R., Guigo; S., Rombauts; J., Fawcett; Y. V., De; D., Zamir; C. B., Liang; M., Spannagl; H., Gundlach; R., Bruggmann; K., Mayer; Z. Q., Jia; J. H., Zhang; Z. B., A.; G. J., Bishop; S., Butcher; R., Lopez Cobollo; D., Buchan; I., Filippis; J., Abbott; R., Dixit; M., Singh; A., Singh; J. K., Pal; A., Pandit; P. K., Singh; A. K., Mahato; V., Dogra; K., Gaikwad; T. R., Sharma; T., Mohapatra; N. K., Singh; M., Causse; C., Rothan; T., Schiex; C., Noirot; A., Bellec; C., Klopp; C., Delalande; H., Berges; J., Mariette; P., Frasse; S., Vautrin; M., Zouine; A., Latche; C., Rousseau; F., Regad; J. C., Pech; M., Philippot; M., Bouzayen; P., Pericard; S., Osorio; A. F., Del; A., Monforte; A., Granell; R., Fernandez Munoz; M., Conte; G., Lichtenstein; F., Carrari; G. D., Bellis; F., Fuligni; C., Peano; S., Grandillo; P., Termolino; M., Pietrella; E., Fantini; G., Falcone; A., Fiore; G., Giuliano; L., Lopez; P., Facella; G., Perrotta; L., Daddiego; G., Bryan; M., Orozco; X., Pastor; D., Torrents; K. N. V., R. M. C.; J. v., Oeveren; P. d., Heer; L., Daponte; S., Jacobs Oomen; M., Cariaso; M., Prins; M. J., T.; A., Janssen; M. J., J.; S. H., Jo; J., Kim; S. Y., Kwon; S., Kim; D. H., Koo; S., Lee; C. G., Hur; C., Clouser; A., Rico; A., Hallab; C., Gebhardt; K., Klee; A., Jocker; J., Warfsmann; U., Gobel; S., Kawamura; K., Yano; J. D., Sherman; H., Fukuoka; S., Negoro; S., Bhutty; P., Chowdhury; D., Chattopadhyay; E., Datema; S., Smit; E. W., M.; J. v., De; J. C., Van; S. A., Peters; M. J., Van; M. H. C., P. J. W.; T., Hesselink; R. C., H.; G. Y., Jiang; M., Droege; D., Choi; B. C., Kang; B. D., Kim; M., Park; S., Kim; S. I., Yeom; Y. H., Lee; Y. D., Choi; G. C., Li; J. W., Gao; Y. S., Liu; S. X., Huang; V., Fernandez Pedrosa; C., Collado; S., Zuniga; G. P., Wang; R., Cade; R. A., Dietrich; J., Rogers; S., Knapp; Z. J., Fei; R. A., White; T. W., Thannhauser; J. J., Giovannoni; M. A., Botella; L., Gilbert; R., Gonzalez; J. L., Goicoechea; Y., Yu; D., Kudrna; K., Collura; M., Wissotski; R., Wing; H., Schoof; B. C., Meyers; A. B., Gurazada; P. J., Green; S., Mathur; S., Vyas; A. U., Solanke; R., Kumar; V., Gupta; A. K., Sharma; P., Khurana; J. P., Khurana; A. K., Tyagi; T., Dalmay; I., Mohorianu; B., Walts; S., Chamala; W. B., Barbazuk; J. P., Li; H., Guo; T. H., Lee; Y. P., Wang; D., Zhang; A. H., Paterson; X. Y., Wang; H. B., Tang; Barone, Amalia; Chiusano, MARIA LUISA; Ercolano, MARIA RAFFAELLA; D'Agostino, Nunzio; M. D., Filippo; A., Traini; W., Sanseverino; Frusciante, Luigi; G. B., Seymour; M., Elharam; Y., Fu; A., Hua; S., Kenton; J., Lewis; S. P., Lin; F., Najar; H. S., Lai; B. F., Qin; C. M., Qu; R. H., Shi; D., White; J., White; Y. B., Xing; K. Q., Yang; J., Yi; Z. Y., Yao; L. P., Zhou; B. A., Roe; A., Vezzi; M., D'Angelo; R., Zimbello; R., Schiavon; E., Caniato; C., Rigobello; D., Campagna; N., Vitulo; G., Valle; D. R., Nelson; E. D., Paoli; D., Szinay; H. H., De; Y. L., Bai; R. G. F., R. M. K.; H., Beasley; K., Mclaren; C., Nicholson; C., Riddle; G., Gianese. - In: NATURE. - ISSN 0028-0836. - 485:(2012), pp. 635-641. [10.1038/nature11119]
The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution
S. Sato;S. Tabata;H. Hirakawa;E. Asamizu;K. Shirasawa;S. Isobe;T. Kaneko;Y. Nakamura;D. Shibata;K. Aoki;M. Egholm;J. Knight;R. Bogden;C. B. Li;Y. Shuang;X. Xu;S. K. Pan;S. F. Cheng;X. Liu;Y. Y. Ren;J. Wang;A. Albiero;F. D. Pero;S. Todesco;J. V. Eck;R. M. Buels;A. Bombarely;J. R. Gosselin;M. Y. Huang;J. A. Leto;N. Menda;S. Strickler;L. Y. Mao;S. Gao;I. Y. Tecle;T. York;Y. Zheng;J. T. Vrebalov;J. Lee;S. L. Zhong;L. A. Mueller;W. J. Stiekema;P. Ribeca;T. Alioto;W. C. Yang;S. W. Huang;Y. C. Du;Z. H. Zhang;J. C. Gao;Y. M. Guo;X. X. Wang;Y. Li;J. He;C. Y. Li;Z. K. Cheng;J. R. Zuo;J. F. Ren;J. H. Zhao;L. H. Yan;H. L. Jiang;B. Wang;H. S. Li;Z. J. Li;F. Y. Fu;B. T. Chen;B. Han;Q. Feng;D. L. Fan;Y. Wang;H. Q. Ling;Y. B. A.;D. Ware;W. R. McCombie;Z. B. Lippman;J. M. Chia;K. Jiang;S. Pasternak;L. Gelley;M. Kramer;L. K. Anderson;S. B. Chang;S. M. Royer;L. A. Shearer;S. M. Stack;J. K. C.;Y. M. Xu;N. Eannetta;A. J. Matas;R. McQuinn;S. D. Tanksley;F. Camara;R. Guigo;S. Rombauts;J. Fawcett;Y. V. de;D. Zamir;C. B. Liang;M. Spannagl;H. Gundlach;R. Bruggmann;K. Mayer;Z. Q. Jia;J. H. Zhang;Z. B. A.;G. J. Bishop;S. Butcher;R. Lopez Cobollo;D. Buchan;I. Filippis;J. Abbott;R. Dixit;M. Singh;A. Singh;J. K. Pal;A. Pandit;P. K. Singh;A. K. Mahato;V. Dogra;K. Gaikwad;T. R. Sharma;T. Mohapatra;N. K. Singh;M. Causse;C. Rothan;T. Schiex;C. Noirot;A. Bellec;C. Klopp;C. Delalande;H. Berges;J. Mariette;P. Frasse;S. Vautrin;M. Zouine;A. Latche;C. Rousseau;F. Regad;J. C. Pech;M. Philippot;M. Bouzayen;P. Pericard;S. Osorio;A. F. del;A. Monforte;A. Granell;R. Fernandez Munoz;M. Conte;G. Lichtenstein;F. Carrari;G. D. Bellis;F. Fuligni;C. Peano;S. Grandillo;P. Termolino;M. Pietrella;E. Fantini;G. Falcone;A. Fiore;G. Giuliano;L. Lopez;P. Facella;G. Perrotta;L. Daddiego;G. Bryan;M. Orozco;X. Pastor;D. Torrents;K. N. V. , R. M. C.;J. v. Oeveren;P. d. Heer;L. daPonte;S. Jacobs Oomen;M. Cariaso;M. Prins;M. J. T.;A. Janssen;M. J. J.;S. H. Jo;J. Kim;S. Y. Kwon;S. Kim;D. H. Koo;S. Lee;C. G. Hur;C. Clouser;A. Rico;A. Hallab;C. Gebhardt;K. Klee;A. Jocker;J. Warfsmann;U. Gobel;S. Kawamura;K. Yano;J. D. Sherman;H. Fukuoka;S. Negoro;S. Bhutty;P. Chowdhury;D. Chattopadhyay;E. Datema;S. Smit;E. W. M.;J. v. de;J. C. van;S. A. Peters;M. J. van;M. H. C. , P. J. W.;T. Hesselink;R. C. H.;G. Y. Jiang;M. Droege;D. Choi;B. C. Kang;B. D. Kim;M. Park;S. Kim;S. I. Yeom;Y. H. Lee;Y. D. Choi;G. C. Li;J. W. Gao;Y. S. Liu;S. X. Huang;V. Fernandez Pedrosa;C. Collado;S. Zuniga;G. P. Wang;R. Cade;R. A. Dietrich;J. Rogers;S. Knapp;Z. J. Fei;R. A. White;T. W. Thannhauser;J. J. Giovannoni;M. A. Botella;L. Gilbert;R. Gonzalez;J. L. Goicoechea;Y. Yu;D. Kudrna;K. Collura;M. Wissotski;R. Wing;H. Schoof;B. C. Meyers;A. B. Gurazada;P. J. Green;S. Mathur;S. Vyas;A. U. Solanke;R. Kumar;V. Gupta;A. K. Sharma;P. Khurana;J. P. Khurana;A. K. Tyagi;T. Dalmay;I. Mohorianu;B. Walts;S. Chamala;W. B. Barbazuk;J. P. Li;H. Guo;T. H. Lee;Y. P. Wang;D. Zhang;A. H. Paterson;X. Y. Wang;H. B. Tang;BARONE, AMALIA;CHIUSANO, MARIA LUISA;ERCOLANO, MARIA RAFFAELLA;D'AGOSTINO, NUNZIO;M. D. Filippo;A. Traini;W. Sanseverino;FRUSCIANTE, LUIGI;G. B. Seymour;M. Elharam;Y. Fu;A. Hua;S. Kenton;J. Lewis;S. P. Lin;F. Najar;H. S. Lai;B. F. Qin;C. M. Qu;R. H. Shi;D. White;J. White;Y. B. Xing;K. Q. Yang;J. Yi;Z. Y. Yao;L. P. Zhou;B. A. Roe;A. Vezzi;M. D'Angelo;R. Zimbello;R. Schiavon;E. Caniato;C. Rigobello;D. Campagna;N. Vitulo;G. Valle;D. R. Nelson;E. D. Paoli;D. Szinay;H. H. de;Y. L. Bai;R. G. F. , R. M. K.;H. Beasley;K. McLaren;C. Nicholson;C. Riddle;G. Gianese
2012
Abstract
Tomato (Solanum lycopersicum) is a major crop plant and a model system for fruit development. Solanum is one of the largest angiosperm genera(1) and includes annual and perennial plants from diverse habitats. Here we present a high-quality genome sequence of domesticated tomato, a draft sequence of its closest wild relative, Solanum pimpinellifolium(2), and compare them to each other and to the potato genome (Solanum tuberosum). The two tomato genomes show only 0.6% nucleotide divergence and signs of recent admixture, but show more than 8% divergence from potato, with nine large and several smaller inversions. In contrast to Arabidopsis, but similar to soybean, tomato and potato small RNAs map predominantly to gene-rich chromosomal regions, including gene promoters. The Solanum lineage has experienced two consecutive genome triplications: one that is ancient and shared with rosids, and a more recent one. These triplications set the stage for the neofunctionalization of genes controlling fruit characteristics, such as colour and fleshiness.
The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution / S., Sato; S., Tabata; H., Hirakawa; E., Asamizu; K., Shirasawa; S., Isobe; T., Kaneko; Y., Nakamura; D., Shibata; K., Aoki; M., Egholm; J., Knight; R., Bogden; C. B., Li; Y., Shuang; X., Xu; S. K., Pan; S. F., Cheng; X., Liu; Y. Y., Ren; J., Wang; A., Albiero; F. D., Pero; S., Todesco; J. V., Eck; R. M., Buels; A., Bombarely; J. R., Gosselin; M. Y., Huang; J. A., Leto; N., Menda; S., Strickler; L. Y., Mao; S., Gao; I. Y., Tecle; T., York; Y., Zheng; J. T., Vrebalov; J., Lee; S. L., Zhong; L. A., Mueller; W. J., Stiekema; P., Ribeca; T., Alioto; W. C., Yang; S. W., Huang; Y. C., Du; Z. H., Zhang; J. C., Gao; Y. M., Guo; X. X., Wang; Y., Li; J., He; C. Y., Li; Z. K., Cheng; J. R., Zuo; J. F., Ren; J. H., Zhao; L. H., Yan; H. L., Jiang; B., Wang; H. S., Li; Z. J., Li; F. Y., Fu; B. T., Chen; B., Han; Q., Feng; D. L., Fan; Y., Wang; H. Q., Ling; Y. B., A.; D., Ware; W. R., Mccombie; Z. B., Lippman; J. M., Chia; K., Jiang; S., Pasternak; L., Gelley; M., Kramer; L. K., Anderson; S. B., Chang; S. M., Royer; L. A., Shearer; S. M., Stack; J. K., C.; Y. M., Xu; N., Eannetta; A. J., Matas; R., Mcquinn; S. D., Tanksley; F., Camara; R., Guigo; S., Rombauts; J., Fawcett; Y. V., De; D., Zamir; C. B., Liang; M., Spannagl; H., Gundlach; R., Bruggmann; K., Mayer; Z. Q., Jia; J. H., Zhang; Z. B., A.; G. J., Bishop; S., Butcher; R., Lopez Cobollo; D., Buchan; I., Filippis; J., Abbott; R., Dixit; M., Singh; A., Singh; J. K., Pal; A., Pandit; P. K., Singh; A. K., Mahato; V., Dogra; K., Gaikwad; T. R., Sharma; T., Mohapatra; N. K., Singh; M., Causse; C., Rothan; T., Schiex; C., Noirot; A., Bellec; C., Klopp; C., Delalande; H., Berges; J., Mariette; P., Frasse; S., Vautrin; M., Zouine; A., Latche; C., Rousseau; F., Regad; J. C., Pech; M., Philippot; M., Bouzayen; P., Pericard; S., Osorio; A. F., Del; A., Monforte; A., Granell; R., Fernandez Munoz; M., Conte; G., Lichtenstein; F., Carrari; G. D., Bellis; F., Fuligni; C., Peano; S., Grandillo; P., Termolino; M., Pietrella; E., Fantini; G., Falcone; A., Fiore; G., Giuliano; L., Lopez; P., Facella; G., Perrotta; L., Daddiego; G., Bryan; M., Orozco; X., Pastor; D., Torrents; K. N. V., R. M. C.; J. v., Oeveren; P. d., Heer; L., Daponte; S., Jacobs Oomen; M., Cariaso; M., Prins; M. J., T.; A., Janssen; M. J., J.; S. H., Jo; J., Kim; S. Y., Kwon; S., Kim; D. H., Koo; S., Lee; C. G., Hur; C., Clouser; A., Rico; A., Hallab; C., Gebhardt; K., Klee; A., Jocker; J., Warfsmann; U., Gobel; S., Kawamura; K., Yano; J. D., Sherman; H., Fukuoka; S., Negoro; S., Bhutty; P., Chowdhury; D., Chattopadhyay; E., Datema; S., Smit; E. W., M.; J. v., De; J. C., Van; S. A., Peters; M. J., Van; M. H. C., P. J. W.; T., Hesselink; R. C., H.; G. Y., Jiang; M., Droege; D., Choi; B. C., Kang; B. D., Kim; M., Park; S., Kim; S. I., Yeom; Y. H., Lee; Y. D., Choi; G. C., Li; J. W., Gao; Y. S., Liu; S. X., Huang; V., Fernandez Pedrosa; C., Collado; S., Zuniga; G. P., Wang; R., Cade; R. A., Dietrich; J., Rogers; S., Knapp; Z. J., Fei; R. A., White; T. W., Thannhauser; J. J., Giovannoni; M. A., Botella; L., Gilbert; R., Gonzalez; J. L., Goicoechea; Y., Yu; D., Kudrna; K., Collura; M., Wissotski; R., Wing; H., Schoof; B. C., Meyers; A. B., Gurazada; P. J., Green; S., Mathur; S., Vyas; A. U., Solanke; R., Kumar; V., Gupta; A. K., Sharma; P., Khurana; J. P., Khurana; A. K., Tyagi; T., Dalmay; I., Mohorianu; B., Walts; S., Chamala; W. B., Barbazuk; J. P., Li; H., Guo; T. H., Lee; Y. P., Wang; D., Zhang; A. H., Paterson; X. Y., Wang; H. B., Tang; Barone, Amalia; Chiusano, MARIA LUISA; Ercolano, MARIA RAFFAELLA; D'Agostino, Nunzio; M. D., Filippo; A., Traini; W., Sanseverino; Frusciante, Luigi; G. B., Seymour; M., Elharam; Y., Fu; A., Hua; S., Kenton; J., Lewis; S. P., Lin; F., Najar; H. S., Lai; B. F., Qin; C. M., Qu; R. H., Shi; D., White; J., White; Y. B., Xing; K. Q., Yang; J., Yi; Z. Y., Yao; L. P., Zhou; B. A., Roe; A., Vezzi; M., D'Angelo; R., Zimbello; R., Schiavon; E., Caniato; C., Rigobello; D., Campagna; N., Vitulo; G., Valle; D. R., Nelson; E. D., Paoli; D., Szinay; H. H., De; Y. L., Bai; R. G. F., R. M. K.; H., Beasley; K., Mclaren; C., Nicholson; C., Riddle; G., Gianese. - In: NATURE. - ISSN 0028-0836. - 485:(2012), pp. 635-641. [10.1038/nature11119]
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.