Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
IRIS
We present a global atlas of 4,728 metagenomic samples from mass-transit systems in 60 cities over 3 years, representing the first systematic, worldwide catalog of the urban microbial ecosystem. This atlas provides an annotated, geospatial profile of microbial strains, functional characteristics, antimicrobial resistance (AMR) markers, and genetic elements, including 10,928 viruses, 1,302 bacteria, 2 archaea, and 838,532 CRISPR arrays not found in reference databases. We identified 4,246 known species of urban microorganisms and a consistent set of 31 species found in 97% of samples that were distinct from human commensal organisms. Profiles of AMR genes varied widely in type and density across cities. Cities showed distinct microbial taxonomic signatures that were driven by climate and geographic differences. These results constitute a high-resolution global metagenomic atlas that enables discovery of organisms and genes, highlights potential public health and forensic applications, and provides a culture-independent view of AMR burden in cities.
A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance / Danko, D.; Bezdan, D.; Afshin, E. E.; Ahsanuddin, S.; Bhattacharya, C.; Butler, D. J.; Chng, K. R.; Donnellan, D.; Hecht, J.; Jackson, K.; Kuchin, K.; Karasikov, M.; Lyons, A.; Mak, L.; Meleshko, D.; Mustafa, H.; Mutai, B.; Neches, R. Y.; Ng, A.; Nikolayeva, O.; Nikolayeva, T.; Png, E.; Ryon, K. A.; Sanchez, J. L.; Shaaban, H.; Sierra, M. A.; Thomas, D.; Young, B.; Abudayyeh, O. O.; Alicea, J.; Bhattacharyya, M.; Blekhman, R.; Castro-Nallar, E.; Canas, A. M.; Chatziefthimiou, A. D.; Crawford, R. W.; De Filippis, F.; Deng, Y.; Desnues, C.; Dias-Neto, E.; Dybwad, M.; Elhaik, E.; Ercolini, D.; Frolova, A.; Gankin, D.; Gootenberg, J. S.; Graf, A. B.; Green, D. C.; Hajirasouliha, I.; Hastings, J. J. A.; Hernandez, M.; Iraola, G.; Jang, S.; Kahles, A.; Kelly, F. J.; Knights, K.; Kyrpides, N. C.; Labaj, P. P.; Lee, P. K. H.; Leung, M. H. Y.; Ljungdahl, P. O.; Mason-Buck, G.; Mcgrath, K.; Meydan, C.; Mongodin, E. F.; Moraes, M. O.; Nagarajan, N.; Nieto-Caballero, M.; Noushmehr, H.; Oliveira, M.; Ossowski, S.; Osuolale, O. O.; Ozcan, O.; Paez-Espino, D.; Rascovan, N.; Richard, H.; Ratsch, G.; Schriml, L. M.; Semmler, T.; Sezerman, O. U.; Shi, L.; Shi, T.; Siam, R.; Song, L. H.; Suzuki, H.; Court, D. S.; Tighe, S. W.; Tong, X.; Udekwu, K. I.; Ugalde, J. A.; Valentine, B.; Vassilev, D. I.; Vayndorf, E. M.; Velavan, T. P.; Wu, J.; Zambrano, M. M.; Zhu, J.; Zhu, S.; Mason, C. E.; Abdullah, N.; Abraao, M.; Adel, A. -H.; Afaq, M.; Al-Quaddoomi, F. S.; Alam, I.; Albuquerque, G. E.; Alexiev, A.; Ali, K.; Alvarado-Arnez, L. E.; Aly, S.; Amachee, J.; Amorim, M. G.; Ampadu, M.; Amran, M. A. -F.; An, N.; Andrew, W.; Andrianjakarivony, H.; Angelov, M.; Antelo, V.; Aquino, C.; Aranguren, A.; Araujo, L. F.; Vasquez Arevalo, H. F.; Arevalo, J.; Arnan, C.; Alvarado Arnez, L. E.; Arredondo, F.; Arthur, M.; Asenjo, F.; Aung, T. S.; Auvinet, J.; Aventin, N.; Ayaz, S.; Baburyan, S.; Bakere, A. -M.; Bakhl, K.; Bartelli, T. F.; Batdelger, E.; Baudon, F.; Becher, K.; Bello, C.; Benchouaia, M.; Benisty, H.; Benoiston, A. -S.; Benson, J.; Benitez, D.; Bernardes, J.; Bertrand, D.; Beurmann, S.; Bitard-Feildel, T.; Bittner, L.; Black, C.; Blanc, G.; Blyther, B.; Bode, T.; Boeri, J.; Boldgiv, B.; Bolzli, K.; Bordigoni, A.; Borrelli, C.; Bouchard, S.; Bouly, J. -P.; Boyd, A.; Branco, G. P.; Breschi, A.; Brindefalk, B.; Brion, C.; Briones, A.; Buczansla, P.; Burke, C. M.; Burrell, A.; Butova, A.; Buttar, I.; Bynoe, J.; Bonigk, S.; Boifot, K. O.; Caballero, H.; Cai, X. W.; Calderon, D.; Cantillo, A.; Carbajo, M.; Carbone, A.; Cardenas, A.; Carrillo, K.; Casalot, L.; Castro, S.; Castro, A. V.; Castro, A.; Castro, A. V. B.; Cawthorne, S.; Cedillo, J.; Chaker, S.; Chalangal, J.; Chan, A.; Chasapi, A. I.; Chatziefthimiou, S.; Chaudhuri, S. R.; Chavan, A. K.; Chavez, F.; Chem, G.; Chen, X.; Chen, M.; Chen, J. -W.; Chernomoretz, A.; Chettouh, A.; Cheung, D.; Chicas, D.; Chiu, S.; Choudhry, H.; Chrispin, C.; Ciaramella, K.; Cifuentes, E.; Cohen, J.; Coil, D. A.; Collin, S.; Conger, C.; Conte, R.; Corsi, F.; Cossio, C. N.; Costa, A. F.; Cuebas, D.; D'Alessandro, B.; Dahlhausen, K. E.; Darling, A. E.; Das, P.; Davenport, L. B.; David, L.; Davidson, N. R.; Dayama, G.; Delmas, S.; Deng, C. K.; Dequeker, C.; Desert, A.; Devi, M.; Dezem, F. S.; Dias, C. N.; Donahoe, T. R.; Dorado, S.; Dorsey, L.; Dotsenko, V.; Du, S.; Dutan, A.; Eady, N.; Eisen, J. A.; Elaskandrany, M.; Epping, L.; Escalera-Antezana, J. P.; Ettinger, C. L.; Faiz, I.; Fan, L.; Farhat, N.; Faure, E.; Fauzi, F.; Feigin, C.; Felice, S.; Ferreira, L. P.; Figueroa, G.; Fleiss, A.; Flores, D.; Velasco Flores, J. L.; Fonseca, M. A. S.; Foox, J.; Forero, J. C.; Francis, A.; French, K.; Fresia, P.; Friedman, J.; Fuentes, J. J.; Galipon, J.; Garcia, M.; Garcia, L.; Garcia, C.; Geiger, A.; Gerner, S. M.; Ghose, S. L.; Giang, D. P.; Gimenez, M.; Giovannelli, D.; Githae, D.; Gkotzis, S.; Godoy, L.; Goldman, S.; Gonnet, G. H.; Gonzalez, J.; Gonzalez, A.; Gonzalez-Poblete, C.; Gray, A.; Gregory, T.; Greselle, C.; Guasco, S.; Guerra, J.; Gurianova, N.; Haehr, W.; Halary, S.; Hartkopf, F.; Hawkins-Zafarnia, A.; Hazrin-Chong, N. H.; Helfrich, E.; Hell, E.; Henry, T.; Hernandez, S.; Hernandez, P. L.; Hess-Homeier, D.; Hittle, L. E.; Hoan, N. X.; Holik, A.; Homma, C.; Hoxie, I.; Huber, M.; Humphries, E.; Hyland, S.; Hassig, A.; Hausler, R.; Husser, N.; Petit, R. A.; Iderzorig, B.; Igarashi, M.; Iqbal, S. B.; Ishikawa, S.; Ishizuka, S.; Islam, S.; Islam, R.; Ito, K.; Ito, S.; Ito, T.; Ivankovic, T.; Iwashiro, T.; Jackson, S.; Jacobs, J.; James, M.; Jaubert, M.; Jerier, M. -L.; Jiminez, E.; Jinfessa, A.; De Jong, Y.; Joo, H. W.; Jospin, G.; Kajita, T.; Ahmad Kassim, A. S.; Kato, N.; Kaur, A.; Kaur, I.; de Souza Gomes Kehdy, F.; Khadka, V. S.; Khan, S.; Khavari, M.; Ki, M.; Kim, G.; Kim, H. J.; Kim, S.; King, R. J.; Kolomonaco, G.; Koag, E.; Kobko-Litskevitch, N.; Korshevniuk, M.; Kozhar, M.; Krebs, J.; Kubota, N.; Kuklin, A.; Kumar, S. S.; Kwong, R.; Kwong, L.; Lafontaine, I.; Lago, J.; Lai, T. Y.; Laine, E.; Laiola, M.; Lakhneko, O.; Lamba, I.; de Lamotte, G.; Lannes, R.; De Lazzari, E.; Leahy, M.; Lee, H.; Lee, Y.; Lee, L.; Lemaire, V.; Leong, E.; Lewandowska, D.; Li, C.; Liang, W.; Lin, M.; Lisboa, P.; Litskevitch, A.; Liu, E. M.; Liu, T.; Livia, M. A.; Lo, Y. H.; Losim, S.; Loubens, M.; Lu, J.; Lykhenko, O.; Lysakova, S.; Mahmoud, S.; Majid, S. A.; Makogon, N.; Maldonado, D.; Mallari, K.; Malta, T. M.; Mamun, M.; Manoir, D.; Marchandon, G.; Marciniak, N.; Marinovic, S.; Marques, B.; Mathews, N.; Matsuzaki, Y.; Matthys, V.; May, M.; Mccomb, E.; Meagher, A.; Melamed, A.; Menary, W.; Mendez, K. N.; Mendez, A.; Mendy, I. M.; Meng, I.; Menon, A.; Menor, M.; Meoded, R.; Merino, N.; Miah, K.; Mignotte, M.; Miketic, T.; Miranda, W.; Mitsios, A.; Miura, R.; Miyake, K.; Moccia, M. D.; Mohan, N.; Mohsin, M.; Moitra, K.; Moldes, M.; Molina, L.; Molinet, J.; Molomjamts, O. -E.; Moniruzzaman, E.; Moon, S.; de Oliveira Moraes, I.; Moreno, M.; Mosella, M. S.; Moser, J. W.; Mozsary, C.; Muehlbauer, A. L.; Muner, O.; Munia, M.; Munim, N.; Muscat, M.; Mustac, T.; Munoz, C.; Nadalin, F.; Naeem, A.; Nagy-Szakal, D.; Nakagawa, M.; Narce, A.; Nasu, M.; Navarrete, I. G.; Naveed, H.; Nazario, B.; Nedunuri, N. R.; Neff, T.; Nesimi, A.; Ng, W. C.; Ng, S.; Nguyen, G.; Ngwa, E.; Nicolas, A.; Nicolas, P.; Nika, A.; Noorzi, H.; Nosrati, A.; Nunes, D. N.; O'Brien, K.; O'Hara, N. B.; Oken, G.; Olawoyin, R. A.; Oliete, J. Q.; Olmeda, K.; Oluwadare, T.; Oluwadare, I. A.; Ordioni, N.; Orpilla, J.; Orrego, J.; Ortega, M.; Osma, P.; Osuolale, I. O.; Osuolale, O. M.; Ota, M.; Oteri, F.; Oto, Y.; Ounit, R.; Ouzounis, C. A.; Pakrashi, S.; Paras, R.; Pardo-Este, C.; Park, Y. -J.; Pastuszek, P.; Patel, S.; Pathmanathan, J.; Patrignani, A.; Perez, M.; Peros, A.; Persaud, S.; Peters, A.; Phillips, A.; Pineda, L.; Pizzi, M. P.; Plaku, A.; Plaku, A.; Pompa-Hogan, B.; Portilla, M. G.; Posada, L.; Priestman, M.; Prithiviraj, B.; Priya, S.; Pugdeethosal, P.; Pugh, C. E.; Pulatov, B.; Pupiec, A.; Pyrshev, K.; Qing, T.; Rahiel, S.; Rahmatulloev, S.; Rajendran, K.; Ramcharan, A.; Ramirez-Rojas, A.; Rana, S.; Ratnanandan, P.; Read, T. D.; Rehrauer, H.; Richer, R.; Rivera, A.; Rivera, M.; Robertiello, A.; Robinson, C.; Rodriguez, P.; Rojas, N. A.; Roldan, P.; Rosario, A.; Roth, S.; Ruiz, M.; Boja Ruiz, S. E.; Russell, K.; Rybak, M.; Sabedot, T. S.; Sabina, M.; Saito, I.; Saito, Y.; Malca Salas, G. A.; Salazar, C.; San, K. M.; Sanchez, J.; Sanchir, K.; Sankar, R.; de Souza Santos, P. T.; Saravi, Z.; Sasaki, K.; Sato, Y.; Sato, M.; Sato, S.; Sato, R.; Sato, K.; Sayara, N.; Schaaf, S.; Schacher, O.; Schinke, A. -L. M.; Schlapbach, R.; Schori, C.; Schriml, J. R.; Segato, F.; Sepulveda, F.; Serpa, M. S.; De Sessions, P. F.; Severyn, J. C.; Shakil, M.; Shalaby, S.; Shari, A.; Shim, H.; Shirahata, H.; Shiwa, Y.; Da Silva, O.; Silva, J. M.; Simon, G.; Singh, S. K.; Sluzek, K.; Smith, R.; So, E.; Andreu Somavilla, N.; Sonohara, Y.; Rufino de Sousa, N.; Souza, C.; Sperry, J.; Sprinsky, N.; Stark, S. G.; La Storia, A.; Suganuma, K.; Suliman, H.; Sullivan, J.; Supie, A. A. M.; Suzuki, C.; Takagi, S.; Takahara, F.; Takahashi, N.; Takahashi, K.; Takeda, T.; Takenaka, I. K.; Tanaka, S.; Tang, A.; Man Tang, Y.; Tarcitano, E.; Tassinari, A.; Taye, M.; Terrero, A.; Thambiraja, E.; Thiebaut, A.; Thomas, S.; Thomas, A. M.; Togashi, Y.; Togashi, T.; Tomaselli, A.; Tomita, M.; Tomita, I.; Toth, O.; Toussaint, N. C.; Tran, J. M.; Truong, C.; Tsonev, S. I.; Tsuda, K.; Tsurumaki, T.; Tuz, M.; Tymoshenko, Y.; Urgiles, C.; Usui, M.; Vacant, S.; Vann, L. E.; Velter, F.; Ventorino, V.; Vera-Wolf, P.; Vicedomini, R.; Suarez-Villamil, M. A.; Vincent, S.; Vivancos-Koopman, R.; Wan, A.; Wang, C.; Warashina, T.; Watanabe, A.; Weekes, S.; Werner, J.; Westfall, D.; Wieler, L. H.; Williams, M.; Wolf, S. A.; Wong, B.; Wong, Y. L.; Wong, T.; Wright, R.; Wunderlin, T.; Yamanaka, R.; Yang, J.; Yano, H.; Yeh, G. C.; Yemets, O.; Yeskova, T.; Yoshikawa, S.; Zafar, L.; Zhang, Y.; Zhang, S.; Zhang, A.; Zheng, Y.; Zubenko, S.. - In: CELL. - ISSN 0092-8674. - 184:13(2021), pp. 3376-3393. [10.1016/j.cell.2021.05.002]
A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance
Danko D.;Bezdan D.;Afshin E. E.;Ahsanuddin S.;Bhattacharya C.;Butler D. J.;Chng K. R.;Donnellan D.;Hecht J.;Jackson K.;Kuchin K.;Karasikov M.;Lyons A.;Mak L.;Meleshko D.;Mustafa H.;Mutai B.;Neches R. Y.;Ng A.;Nikolayeva O.;Nikolayeva T.;Png E.;Ryon K. A.;Sanchez J. L.;Shaaban H.;Sierra M. A.;Thomas D.;Young B.;Abudayyeh O. O.;Alicea J.;Bhattacharyya M.;Blekhman R.;Castro-Nallar E.;Canas A. M.;Chatziefthimiou A. D.;Crawford R. W.;De Filippis F.;Deng Y.;Desnues C.;Dias-Neto E.;Dybwad M.;Elhaik E.;Ercolini D.;Frolova A.;Gankin D.;Gootenberg J. S.;Graf A. B.;Green D. C.;Hajirasouliha I.;Hastings J. J. A.;Hernandez M.;Iraola G.;Jang S.;Kahles A.;Kelly F. J.;Knights K.;Kyrpides N. C.;Labaj P. P.;Lee P. K. H.;Leung M. H. Y.;Ljungdahl P. O.;Mason-Buck G.;McGrath K.;Meydan C.;Mongodin E. F.;Moraes M. O.;Nagarajan N.;Nieto-Caballero M.;Noushmehr H.;Oliveira M.;Ossowski S.;Osuolale O. O.;Ozcan O.;Paez-Espino D.;Rascovan N.;Richard H.;Ratsch G.;Schriml L. M.;Semmler T.;Sezerman O. U.;Shi L.;Shi T.;Siam R.;Song L. H.;Suzuki H.;Court D. S.;Tighe S. W.;Tong X.;Udekwu K. I.;Ugalde J. A.;Valentine B.;Vassilev D. I.;Vayndorf E. M.;Velavan T. P.;Wu J.;Zambrano M. M.;Zhu J.;Zhu S.;Mason C. E.;Abdullah N.;Abraao M.;Adel A. -H.;Afaq M.;Al-Quaddoomi F. S.;Alam I.;Albuquerque G. E.;Alexiev A.;Ali K.;Alvarado-Arnez L. E.;Aly S.;Amachee J.;Amorim M. G.;Ampadu M.;Amran M. A. -F.;An N.;Andrew W.;Andrianjakarivony H.;Angelov M.;Antelo V.;Aquino C.;Aranguren A.;Araujo L. F.;Vasquez Arevalo H. F.;Arevalo J.;Arnan C.;Alvarado Arnez L. E.;Arredondo F.;Arthur M.;Asenjo F.;Aung T. S.;Auvinet J.;Aventin N.;Ayaz S.;Baburyan S.;Bakere A. -M.;Bakhl K.;Bartelli T. F.;Batdelger E.;Baudon F.;Becher K.;Bello C.;Benchouaia M.;Benisty H.;Benoiston A. -S.;Benson J.;Benitez D.;Bernardes J.;Bertrand D.;Beurmann S.;Bitard-Feildel T.;Bittner L.;Black C.;Blanc G.;Blyther B.;Bode T.;Boeri J.;Boldgiv B.;Bolzli K.;Bordigoni A.;Borrelli C.;Bouchard S.;Bouly J. -P.;Boyd A.;Branco G. P.;Breschi A.;Brindefalk B.;Brion C.;Briones A.;Buczansla P.;Burke C. M.;Burrell A.;Butova A.;Buttar I.;Bynoe J.;Bonigk S.;Boifot K. O.;Caballero H.;Cai X. W.;Calderon D.;Cantillo A.;Carbajo M.;Carbone A.;Cardenas A.;Carrillo K.;Casalot L.;Castro S.;Castro A. V.;Castro A.;Castro A. V. B.;Cawthorne S.;Cedillo J.;Chaker S.;Chalangal J.;Chan A.;Chasapi A. I.;Chatziefthimiou S.;Chaudhuri S. R.;Chavan A. K.;Chavez F.;Chem G.;Chen X.;Chen M.;Chen J. -W.;Chernomoretz A.;Chettouh A.;Cheung D.;Chicas D.;Chiu S.;Choudhry H.;Chrispin C.;Ciaramella K.;Cifuentes E.;Cohen J.;Coil D. A.;Collin S.;Conger C.;Conte R.;Corsi F.;Cossio C. N.;Costa A. F.;Cuebas D.;D'Alessandro B.;Dahlhausen K. E.;Darling A. E.;Das P.;Davenport L. B.;David L.;Davidson N. R.;Dayama G.;Delmas S.;Deng C. K.;Dequeker C.;Desert A.;Devi M.;Dezem F. S.;Dias C. N.;Donahoe T. R.;Dorado S.;Dorsey L.;Dotsenko V.;Du S.;Dutan A.;Eady N.;Eisen J. A.;Elaskandrany M.;Epping L.;Escalera-Antezana J. P.;Ettinger C. L.;Faiz I.;Fan L.;Farhat N.;Faure E.;Fauzi F.;Feigin C.;Felice S.;Ferreira L. P.;Figueroa G.;Fleiss A.;Flores D.;Velasco Flores J. L.;Fonseca M. A. S.;Foox J.;Forero J. C.;Francis A.;French K.;Fresia P.;Friedman J.;Fuentes J. J.;Galipon J.;Garcia M.;Garcia L.;Garcia C.;Geiger A.;Gerner S. M.;Ghose S. L.;Giang D. P.;Gimenez M.;Giovannelli D.;Githae D.;Gkotzis S.;Godoy L.;Goldman S.;Gonnet G. H.;Gonzalez J.;Gonzalez A.;Gonzalez-Poblete C.;Gray A.;Gregory T.;Greselle C.;Guasco S.;Guerra J.;Gurianova N.;Haehr W.;Halary S.;Hartkopf F.;Hawkins-Zafarnia A.;Hazrin-Chong N. H.;Helfrich E.;Hell E.;Henry T.;Hernandez S.;Hernandez P. L.;Hess-Homeier D.;Hittle L. E.;Hoan N. X.;Holik A.;Homma C.;Hoxie I.;Huber M.;Humphries E.;Hyland S.;Hassig A.;Hausler R.;Husser N.;Petit R. A.;Iderzorig B.;Igarashi M.;Iqbal S. B.;Ishikawa S.;Ishizuka S.;Islam S.;Islam R.;Ito K.;Ito S.;Ito T.;Ivankovic T.;Iwashiro T.;Jackson S.;Jacobs J.;James M.;Jaubert M.;Jerier M. -L.;Jiminez E.;Jinfessa A.;De Jong Y.;Joo H. W.;Jospin G.;Kajita T.;Ahmad Kassim A. S.;Kato N.;Kaur A.;Kaur I.;de Souza Gomes Kehdy F.;Khadka V. S.;Khan S.;Khavari M.;Ki M.;Kim G.;Kim H. J.;Kim S.;King R. J.;KoLoMonaco G.;Koag E.;Kobko-Litskevitch N.;Korshevniuk M.;Kozhar M.;Krebs J.;Kubota N.;Kuklin A.;Kumar S. S.;Kwong R.;Kwong L.;Lafontaine I.;Lago J.;Lai T. Y.;Laine E.;Laiola M.;Lakhneko O.;Lamba I.;de Lamotte G.;Lannes R.;De Lazzari E.;Leahy M.;Lee H.;Lee Y.;Lee L.;Lemaire V.;Leong E.;Lewandowska D.;Li C.;Liang W.;Lin M.;Lisboa P.;Litskevitch A.;Liu E. M.;Liu T.;Livia M. A.;Lo Y. H.;Losim S.;Loubens M.;Lu J.;Lykhenko O.;Lysakova S.;Mahmoud S.;Majid S. A.;Makogon N.;Maldonado D.;Mallari K.;Malta T. M.;Mamun M.;Manoir D.;Marchandon G.;Marciniak N.;Marinovic S.;Marques B.;Mathews N.;Matsuzaki Y.;Matthys V.;May M.;McComb E.;Meagher A.;Melamed A.;Menary W.;Mendez K. N.;Mendez A.;Mendy I. M.;Meng I.;Menon A.;Menor M.;Meoded R.;Merino N.;Miah K.;Mignotte M.;Miketic T.;Miranda W.;Mitsios A.;Miura R.;Miyake K.;Moccia M. D.;Mohan N.;Mohsin M.;Moitra K.;Moldes M.;Molina L.;Molinet J.;Molomjamts O. -E.;Moniruzzaman E.;Moon S.;de Oliveira Moraes I.;Moreno M.;Mosella M. S.;Moser J. W.;Mozsary C.;Muehlbauer A. L.;Muner O.;Munia M.;Munim N.;Muscat M.;Mustac T.;Munoz C.;Nadalin F.;Naeem A.;Nagy-Szakal D.;Nakagawa M.;Narce A.;Nasu M.;Navarrete I. G.;Naveed H.;Nazario B.;Nedunuri N. R.;Neff T.;Nesimi A.;Ng W. C.;Ng S.;Nguyen G.;Ngwa E.;Nicolas A.;Nicolas P.;Nika A.;Noorzi H.;Nosrati A.;Nunes D. N.;O'Brien K.;O'Hara N. B.;Oken G.;Olawoyin R. A.;Oliete J. Q.;Olmeda K.;Oluwadare T.;Oluwadare I. A.;Ordioni N.;Orpilla J.;Orrego J.;Ortega M.;Osma P.;Osuolale I. O.;Osuolale O. M.;Ota M.;Oteri F.;Oto Y.;Ounit R.;Ouzounis C. A.;Pakrashi S.;Paras R.;Pardo-Este C.;Park Y. -J.;Pastuszek P.;Patel S.;Pathmanathan J.;Patrignani A.;Perez M.;Peros A.;Persaud S.;Peters A.;Phillips A.;Pineda L.;Pizzi M. P.;Plaku A.;Plaku A.;Pompa-Hogan B.;Portilla M. G.;Posada L.;Priestman M.;Prithiviraj B.;Priya S.;Pugdeethosal P.;Pugh C. E.;Pulatov B.;Pupiec A.;Pyrshev K.;Qing T.;Rahiel S.;Rahmatulloev S.;Rajendran K.;Ramcharan A.;Ramirez-Rojas A.;Rana S.;Ratnanandan P.;Read T. D.;Rehrauer H.;Richer R.;Rivera A.;Rivera M.;Robertiello A.;Robinson C.;Rodriguez P.;Rojas N. A.;Roldan P.;Rosario A.;Roth S.;Ruiz M.;Boja Ruiz S. E.;Russell K.;Rybak M.;Sabedot T. S.;Sabina M.;Saito I.;Saito Y.;Malca Salas G. A.;Salazar C.;San K. M.;Sanchez J.;Sanchir K.;Sankar R.;de Souza Santos P. T.;Saravi Z.;Sasaki K.;Sato Y.;Sato M.;Sato S.;Sato R.;Sato K.;Sayara N.;Schaaf S.;Schacher O.;Schinke A. -L. M.;Schlapbach R.;Schori C.;Schriml J. R.;Segato F.;Sepulveda F.;Serpa M. S.;De Sessions P. F.;Severyn J. C.;Shakil M.;Shalaby S.;Shari A.;Shim H.;Shirahata H.;Shiwa Y.;Da Silva O.;Silva J. M.;Simon G.;Singh S. K.;Sluzek K.;Smith R.;So E.;Andreu Somavilla N.;Sonohara Y.;Rufino de Sousa N.;Souza C.;Sperry J.;Sprinsky N.;Stark S. G.;La Storia A.;Suganuma K.;Suliman H.;Sullivan J.;Supie A. A. M.;Suzuki C.;Takagi S.;Takahara F.;Takahashi N.;Takahashi K.;Takeda T.;Takenaka I. K.;Tanaka S.;Tang A.;Man Tang Y.;Tarcitano E.;Tassinari A.;Taye M.;Terrero A.;Thambiraja E.;Thiebaut A.;Thomas S.;Thomas A. M.;Togashi Y.;Togashi T.;Tomaselli A.;Tomita M.;Tomita I.;Toth O.;Toussaint N. C.;Tran J. M.;Truong C.;Tsonev S. I.;Tsuda K.;Tsurumaki T.;Tuz M.;Tymoshenko Y.;Urgiles C.;Usui M.;Vacant S.;Vann L. E.;Velter F.;Ventorino V.;Vera-Wolf P.;Vicedomini R.;Suarez-Villamil M. A.;Vincent S.;Vivancos-Koopman R.;Wan A.;Wang C.;Warashina T.;Watanabe A.;Weekes S.;Werner J.;Westfall D.;Wieler L. H.;Williams M.;Wolf S. A.;Wong B.;Wong Y. L.;Wong T.;Wright R.;Wunderlin T.;Yamanaka R.;Yang J.;Yano H.;Yeh G. C.;Yemets O.;Yeskova T.;Yoshikawa S.;Zafar L.;Zhang Y.;Zhang S.;Zhang A.;Zheng Y.;Zubenko S.
2021
Abstract
We present a global atlas of 4,728 metagenomic samples from mass-transit systems in 60 cities over 3 years, representing the first systematic, worldwide catalog of the urban microbial ecosystem. This atlas provides an annotated, geospatial profile of microbial strains, functional characteristics, antimicrobial resistance (AMR) markers, and genetic elements, including 10,928 viruses, 1,302 bacteria, 2 archaea, and 838,532 CRISPR arrays not found in reference databases. We identified 4,246 known species of urban microorganisms and a consistent set of 31 species found in 97% of samples that were distinct from human commensal organisms. Profiles of AMR genes varied widely in type and density across cities. Cities showed distinct microbial taxonomic signatures that were driven by climate and geographic differences. These results constitute a high-resolution global metagenomic atlas that enables discovery of organisms and genes, highlights potential public health and forensic applications, and provides a culture-independent view of AMR burden in cities.
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11588/855414
Citazioni
ND
172
150
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.